Για τις εσωτερικές διαδικασίες διαχείρισης του, το Ίδρυμα Μποδοσάκη έχει πιστοποιηθεί με το Σύστημα Διαχείρισης Ποιότητας (Σ.Δ.Π.), σύμφωνα τις απαιτήσεις του διεθνούς προτύπου ΕΛΟΤ EN ISO 9001:2015.
Το Ίδρυμα διαχειρίζεται χρηματοδοτικά προγράμματα και δωρεές τρίτων με μια σειρά διαδικασιών που επιτρέπουν:
1. Την άριστη υλοποίηση συγκεκριμένων έργων ή προτάσεων που έχουν προηγουμένως αξιολογηθεί με διαφανείς διαδικασίες, συγκεκριμένους όρους και κριτήρια επιλογής
2. Τη συστηματική παρακολούθηση της πορείας των έργων, την αξιολόγηση της προόδου τους και τη συστηματική αναφορά προς τους χρηματοδότες
3. Τη μεγιστοποίηση του αντικτύπου των έργων (κοινωνικού, περιβαλλοντικού, ή άλλου)
Η επιτυχής διαχείριση χρηματοδοτικών προγραμμάτων και δωρεών τρίτων επιτυγχάνεται χάρη στην έμπειρη ομάδα του Τμήματος Προγραμμάτων & Δωρεών που ασχολείται σε καθημερινή βάση με τη διαχείριση των προγραμμάτων και την παρακολούθηση της εξέλιξης των έργων.
Στα προσυμφωνημένα με τους δωρητές χρονικά σημεία κάθε προγράμματος πραγματοποιείται αναλυτική αναφορά προς τους δωρητές. Οι Διαχειριστές προγραμμάτων και δωρεών έχουν την ευθύνη απέναντι στους δωρητές για την εξέλιξη του προγράμματος, την παρακολούθηση των δεικτών αποτελεσματικότητας και του κοινωνικού αντικτύπου του κάθε προγράμματος.
Επίσης, ανάλογα με το είδος και το μέγεθος κάθε προγράμματος το Ίδρυμα δύναται να προσφέρει υποστήριξη και καθοδήγηση σε επίπεδο οικονομικών, νομικών υπηρεσιών καθώς και σε επίπεδο επικοινωνίας από τα αρμόδια τμήματά του, σε συνεργασία με τα αντίστοιχα τμήματα των δωρητών.
