Ο Πρόδρομος-Μποδοσάκης Αθανασιάδης πίστευε βαθιά στην επιστήμη και στις δυνατότητες του ελληνικού πνεύματος και είχε προβλέψει την απονομή βραβείων σε διακεκριμένους Έλληνες και Ελληνίδες επιστήμονες ως μέρος των δράσεων του Ιδρύματος. Υπηρετώντας την επιθυμία του ιδρυτή του, το Ίδρυμα θέσπισε το 1992 τον θεσμό «Επιστημονικά Βραβεία Ιδρύματος Μποδοσάκη».
Με τα Επιστημονικά Βραβεία, το Ίδρυμα αναγνωρίζει το δημιουργικό έργο νέων Ελλήνων επιστημόνων έως 40 ετών, ανταμείβει τη συνεπή και συνεχή προσπάθειά τους για την προαγωγή της επιστήμης, τιμά την ηθική τους συνέπεια και συμβάλλει στη δημιουργία σωστών προτύπων για την ελληνική κοινωνία.
Έως σήμερα, 61 επιστήμονες που διαπρέπουν ανά τον κόσμο έχουν διακριθεί με τα Επιστημονικά Βραβεία, τα οποία απονέμονται ανά δύο έτη.
Τα Επιστημονικά Βραβεία καλύπτουν τους εξής τομείς:
- Βασικές Επιστήμες
- Βιοεπιστήμες
- Εφαρμοσμένες Επιστήμες / Τεχνολογία
- Κοινωνικές Επιστήμες
Κριτήρια για την απονομή των Επιστημονικών Βραβείων Μποδοσάκη αποτελούν η εξαιρετική επίδοση των υποψηφίων στον επιστημονικό τομέα τους, στον οποίο έχουν να παρουσιάσουν ολοκληρωμένο έργο, η συμβολή των υποψηφίων στην πνευματική, επιστημονική και οικονομική ανάπτυξη της χώρας μας, καθώς και η συμβολή τους στη διεθνή προβολή της Ελλάδας με το ήθος και το έργο τους.
Τα κύρια όργανα του θεσμού των Επιστημονικών Βραβείων είναι α) η Επιτροπή Επιστημονικών Βραβείων και β) οι Ειδικές Επιτροπές Κρίσεως.
Τους υποψηφίους προτείνουν είτε επιστήμονες του ιδίου κλάδου, ίδιας ή ανώτερης βαθμίδας είτε τα Πανεπιστήμια και τα Ιδρύματα στα οποία υπηρετούν. Στη συνέχεια, οι Ειδικές Επιτροπές Κρίσεως, οι οποίες συγκροτούνται ειδικά για κάθε κλάδο στον οποίο απονέμεται Βραβείο, αξιολογούν τις υποψηφιότητες. Κάθε Ειδική Επιτροπή Κρίσεως υποβάλλει τις προτάσεις της σχετικά με τους επιλεγόμενους από αυτήν υποψηφίους στην Επιτροπή Επιστημονικών Βραβείων, η οποία με τη σειρά της εισηγείται στο Ίδρυμα τους επικρατέστερους υποψηφίους προς βράβευση. Η Επιτροπή Επιστημονικών Βραβείων έχει την ευθύνη της τελικής πρότασης. Το Διοικητικό Συμβούλιο του Ιδρύματος επικυρώνει την τελική πρόταση της Επιτροπής Επιστημονικών Βραβείων και ανακηρύσσει τους βραβευόμενους.
Τα Επιστημονικά Βραβεία συνοδεύονται από χρηματικό έπαθλο 20.000€ ανά επιστημονικό τομέα.